スキャナーで大きな画像をスキャン出来ないと行った時、取り敢えずスキャン出来る範囲でスキャンニングしておきます。
ただし、スキャンする場合は重なり部分をある程度とってスキャンすることがポイントです。
化キャンし終わったデータはPhotoshopで大きめのファイルを作成して読み込みます。後は上野レイヤーの描画モードを【差の絶対値】とすると、完全に一致している部分は真っ黒になるので正確な位置合わせが可能です。もちめんスキャンニング時のズレもありますので、多少の甘さはPhotoshopで調整出来る範囲だと思います。
