Illustratorはグラデーションやパターンなど、ビットマップ画像以外であれば全て簡単にカラー変更することが可能です。
ソーストして用意した画像です。背景はパターン、キャラクターはグラデーションを活用しています。
編集メニューの［カラーを編集／オブジェクトを再配色］を選んでから［編集］モードにて任意の井をつまんでサークル内を変更したい色の位置に移動するだけです。この時、画面中央（上図の赤い線で括った部分）にある［ハーモニーカラーをリンク］を選択すれば全体のカラーバランスをたもったまま色替えをすることが出来ます。
上図はカラー変更した例です。
実は変更した時点で小まめに画面比右上にある［新規カラーグループ］のアイコン（上図の緑り線で括った部分）をクリックすると指定している色をまとめてスウォッチデータを自動生成（上図の赤い線で括った部分）してくれます。小まめに登録しておくと便利です。
Illustrator CC 2018
