質問がありましたので・・・
Illustratorのペンツール操作は初心者の方にとっては本当にハードルが高いです。しかし、始点を変えてブラシを使うといい感じで処理できます。
まず手書きの下絵をIllustratorに読み込みます。
次にブラシツールをダブルクリックして表示されるオプション設定を上の様に設定します。コレはあくまで私の設定なので、色々テストして自分に合った設定を行ってください。
後は慌てずにゆっくりでかまわないので、丁寧にブラシツールでトレースを行います。うまくいかなかったらUndoでやり直せば問題なしです。
最終的に微修正をし、パスファインダーの分割で図形化し・・・
色設定すれば完了です。