PDFのレイヤー管理は慎重にしないとミスします。
例えばIllustratorで3つのレイヤーで構成したファイルをPDF書き出しします。
取りあえずデフォルト設定で書き出しました。
Acrobat DCで開いて真ん中のレイヤー表示をオフにします。
イメージはこんな感じです。ただしこのまま保存しても、他のツールで開くとチェックは外れていない状態で表示されてしまいます。
左のイメージにしたいのに右のイメージになってしまいます。コレは設定が正しく行われていないのとによります。
レイヤーのプロパティーを開き、シッカリ設定語に[ロック]をしないと反映されません。そそっかしい人(私)は要注意です。