シェイプ形成ツールは後処理で必ずパスの単純化が必須です。
サンプルとして4つの円で構成したデザイン。
シェイプ形成ツールで外側の4つのパーツを削除します。
削除後は一部のパスのポイントが半端ない状態になってしまします。
オブジェクトメニュー［パス］＞［単純化］を選び・・・オプションをクリックし、何もせずにオートのまま［OK］をクリック刷ればパスは綺麗に単純化されます。
手動で処理する場合も70°ぐらいが目安だと思います。
シェイプ形成ツールに限らず、パスファインダーでも似たような状態に成るので、処理後にパスの状態を確認する癖を付けると良いでしょう。
Illustrator 26.0.3
