シェイプトゥイーンは図形を展開と考えると分かりやすいです。複数の図形でも可能です。
フレーム1に円を作成してからフレーム100に移動してF6でキーフレームを設定後・・・
キーフレームのないフレームを右クリックし、シェイプトゥイーンを選びます。ここでは100フレーム目の円の色を変更しました。
この段階の処理結果です。
中間地点となる50フレーム目にF6でキーフレームを入れで円を変形します。
この段階の処理結果です。
更に25フレーム目の変形している円を削除し、位置と色を変更した別のシェイプを配置。
続けて、75フレーム目の変形している円を削除し、位置と色を変更した別のシェイプを配置。
この段階の処理結果です。こんな感じで自由度高くアニメーションか出来ます。