modoでベベル処理をする際の移動は2種類の選択肢があります。状況に合わせて切り替えると良いでしょう。
サンプルとして球体を作成します。
上部をドーナツ形状にポリゴン選択しベベルを二重処理して押し出すと上の様になります。これがデフォルトの処理結果です。
ワイヤーフレームで横から見ると上の様な流れになります。
ところがベベル処理の後に移動ツールに切り替えて凹ますと上の酔えに垂直に下がった状態で凹みを得ることが出来ます。ただし、凹み面は水平では無いので、[E]キーにてエッジを選択・移動で調整する必要はあります。
では、ベベルのままで凹ませた状態から修正する方法を整理してみます。答えは簡単で調整したいエッジを選択し、上面ビューに変更してから拡大処理で完了です。
ただし、数値で追えないので、あくまでも見た目の状態になりますが、CAD処理をしているわけでは無いので許容範囲内と言えます。
こうして調整したらエッジ部分をベベル設定してエッジを二重にすることで、[Tab]キーによるサブディビジョンへ変換した後の形状が綺麗になります。
サブディビジョンへ変換の結果